Γεννήθηκε στη Φοινικούντα, χώρα της επαρχίας των Μυρέων της Μικράς Ασίας. Οι γονείς του του έδωσαν καλή ανατροφή και διακρινόταν για την αρετή και την αγάπη που είχε προς όλους τους ανθρώπους. Μόλις πέθαναν οι γονείς του, πούλησε την περιουσία που του άφησαν, διεμοίρασε στους φτωχούς τα χρήματα και ασκήτεψε κοντά στους μεγάλους ασκητές της Αιγύπτου.
Μετά από αρκετό καιρό πηγαίνει στην Κωνσταντινούπολη, όπου μετά από πιέσεις του Επισκόπου της πόλεως χειροτονείται διάκονος και ακολούθως ιερέας.
Αργότερα χειροτονείται Επίσκοπος και αναλαμβάνει ως ποιμένας την Εκκλησία της Σάμου.
Ήταν χρόνια δύσκολα τότε. Από τη μια οι αρειανοί και από την άλλη οι Ιουδαίοι και οι ειδωλολάτρες εδίωκαν τους Χριστιανούς και τους βασάνιζαν με φοβερά και απάνθρωπα μαρτύρια. Ο Επίσκοπος Ερμογένης δίνει θάρρος και κουράγιο στους Χριστιανούς και τους ενισχύει. Η δράση του Αγίου εξόργισε τους φανατικούς ειδωλολάτρες και κατάγγειλαν τον Άγιο στον ηγεμόνα της Σάμου Σαντορινίνο. Ο ηγεμόνας προσπαθεί να τον πείσει να θυσιάσει στα είδωλα, αλλά ο Άγιος αρνείται επίμονα, ώστε ο ηγεμόνας δίνει εντολή να βασανισθεί σκληρά μέχρι να αλλάξει γνώμη. Τον κρέμασαν ψηλά σ’ ένα όρθιο ξύλο και με σιδερένιες χειράγρες έξυναν και έκοβαν τα μέλη του και με αναμμένες λαμπάδες έκαιαν τις μασχάλες του. Ακολούθως τον φυλάκισαν βάζοντάς τον στο τιμωρητικό ξύλο. Στη φυλακή του εμφανίσθηκε ο Κύριος, ο οποίος τον ενεθάρρυνε και τον έλυσε από τα δεσμά του. Την επομένη τον έσυραν με άγρια άλογα και αυτός έμεινε αβλαβής, ώστε πολλοί άνθρωποι πίστεψαν στον Χριστό και βαπτίστηκαν.
Τέλος ο Σαντορινίνος μη ξέροντας τι άλλο να κάνει διέταξε να τον αποκεφαλίσουν. Ο Άγιος αφού προσευχήθηκε απετμήθη τον αυχένα στις 5 Οκτωβρίου, μέρα που η Εκκλησία μας εορτάζει τη μνήμη του.
Οι Χριστιανοί αφού πήραν τη νύχτα το λείψανό του, το έπλυναν με μύρα, το έντυσαν και βάζοντάς το μέσα σε ένα κιβώτιο το έριξαν στη θάλασσα, για να μην το αφανίσουν οι ειδωλολάτρες. Το λείψανο έφτασε στην Κύπρο, κοντά στο Κούριο. Οι Χριστιανοί το έθαψαν με μεγάλες τιμές κοντά στο χωριό Επισκοπή και δίπλα από τον τάφο έκτισαν ένα μικρό ναό στο όνομα του Αγίου, ο οποίος υπάρχει μέχρι σήμερα. Τεμάχιο της τιμίας κάρας του βρίσκεται στον Καθεδρικό ναό Αγίας Νάπας. Η μνήμη του τιμάται στις 5 Οκτωβρίου.
