Από την ενθρόνισή του στον Μητροπολιτικό Θρόνο Λεμεσού το 1999, ο Πανιερώτατος Μητροπολίτης κ. Αθανάσιος διακονεί την τοπική Εκκλησία με πνεύμα πατρικής αγάπης και ποιμαντικής φροντίδας για τον κάθε άνθρωπο. Το ποιμαντικό του έργο χαρακτηρίζεται από πολυδιάστατη προσφορά, με επίκεντρο τον άνθρωπο ως ψυχοσωματική ενότητα και τελικό σκοπό τον αγιασμό και τη σωτηρία του.
Με ιδιαίτερη μέριμνα για την πνευματική καλλιέργεια του ποιμνίου, ο Πανιερώτατος έδωσε έμφαση στην ενίσχυση του ιερού κλήρου, στη συστηματική κατήχηση, στο θείο κήρυγμα και στη συχνή τέλεση των ιερών ακολουθιών. Παράλληλα, ανέπτυξε ουσιαστική και άμεση επικοινωνία με τον λαό του Θεού, τόσο μέσα από τη λειτουργική ζωή όσο και μέσω προσωπικής ποιμαντικής παρουσίας στις ενορίες, στα σχολεία και στους χώρους καθημερινής ζωής των ανθρώπων.
Ιδιαίτερη θέση στο έργο του κατέχει η ποιμαντική της νεότητος, με οργανωμένες δομές, κατασκηνώσεις, κατηχητικές και δημιουργικές δραστηριότητες, καθώς και σύγχρονους χώρους συνάντησης και διαλόγου, που προσφέρουν στους νέους υγιή πνευματικά ερείσματα και ουσιαστική στήριξη.
Ταυτόχρονα, υπό την καθοδήγησή του αναπτύχθηκε σε μεγάλο βαθμό το κοινωνικό και φιλανθρωπικό έργο της Ιεράς Μητροπόλεως, με χαρακτηριστικό παράδειγμα το Πολυδύναμο Κέντρο Παροχής Κοινωνικών Υπηρεσιών «Άγιος Ιωάννης ο Ελεήμων», καθώς και πλήθος προγραμμάτων κοινωνικής πρόνοιας, ψυχολογικής στήριξης, οικογενειακής καθοδήγησης και φροντίδας ευάλωτων ομάδων.
Σημαντική υπήρξε επίσης η μέριμνα για την ανασύσταση και επαναλειτουργία ιστορικών Ιερών Μονών, την ανέγερση και ανακαίνιση ιερών ναών, την προώθηση της εκκλησιαστικής παιδείας, του πολιτισμού και της εκδοτικής δραστηριότητας, καθώς και η αξιοποίηση των σύγχρονων μέσων επικοινωνίας για την προβολή του εκκλησιαστικού λόγου.
Το ποιμαντικό έργο του Πανιερωτάτου Μητροπολίτου Λεμεσού κ. Αθανασίου αποτελεί ζωντανή μαρτυρία της διακονίας της Εκκλησίας στον σύγχρονο κόσμο, συνδυάζοντας αρμονικά τη θεολογία με την πράξη, την παράδοση με τις σύγχρονες ανάγκες και την πνευματική ζωή με την έμπρακτη αγάπη προς τον άνθρωπο, προς δόξαν Θεού και οικοδομή του χριστεπωνύμου πληρώματος.
